Księgozbiór muzealnej biblioteki liczy ponad 12 tysięcy woluminów. Jego znaczna część to publikacje naukowe i popularnonaukowe, związane z dziedzinami reprezentowanymi przez muzeum: archeologią, etnografią, historią sztuki, historią oraz naukami pomocniczymi, takimi jak numizmatyka, heraldyka, genealogia, sfragistyka, falerystyka, muzealnictwo i konserwacja zabytków.
Calisiana
Szczególne miejsce zajmują publikacje dotyczące historii Kalisza i regionu kaliskiego, tzw. „calisiana” oraz druki kaliskie, czyli dzieła wydane w lokalnych drukarniach, zwłaszcza w pierwszych oficynach działających na terenie miasta. Na zbiór calissianów składają się także liczne przewodniki po mieście z różnych okresów, kalendarze kaliskie, opracowania dotyczące miasta i zabytków z okresu międzywojennego, roczniki statystyczne i rozmaite opracowania badań naukowych prowadzonych w regionie. Zaliczyć tu można również obszerne zbiory katalogów i albumów z wystaw muzealnych, krajowych i zagranicznych.
Cenne starodruki
Niezwykle cenną w zbiorach jest kolekcja starodruków i inkunabułów. Znajduje się tu ponad 570 woluminów, pochodzących z darowizn, m.in. Alfonsa Parczewskiego (1849- 1933), ks. Jana Nepomucena Sobczyńskiego (1861- 1942) oraz Józefa Leopolda z Rzepiszewa (1860-1932).
Kaliska prasa
Biblioteka posiada bogaty zbiór prasy kaliskiej z XIX i XX wieku, w tym wydania „Kaliszanina”, „Gazety Kaliskiej” i „Kuriera Kaliskiego”, a także roczniki „Dziennika Departamentu Kaliskiego”, „Dziennika Urzędowego Województwa Kaliskiego” czy „Dziennika Urzędowego Guberni Kaliskiej”. Na koniec 2024 r. zbiór czasopism liczył ponad 2470 egzemplarzy i obejmował zarówno prasę lokalną, jak i ogólnopolskie periodyki naukowe.
